Il cuore nascosto rappresenta la parte nascosta del Metasaepe, quella che sta sotto il piano di sostegno della base. Essa rappresenta il vero ipogeo dell'opera ed è costituita da una serie di elementi invisibili che contribuiscono alla creazione dei numerosi effetti luminosi, audio e idraulici.
Un elemento tanto semplice quanto fondamentale. E' fatto di metallo ed è stato realizzato (e regalato) da Leonardo Iadarola, un caro amico di Poggio Imperiale. Esso rappresenta le gambe del Metasaepe.
E' il cervello del Metasaepe. Governa la voce narrante, la musica di sottofondo, il cielo, le luci dei vari componenti, l'impianto idraulico e ogni altro effetto. E' affiancata da un modulo amplificatore audio basato sul chip LM3886 e da un modulo di derivazione per il collegamento con le centinaia di fibre ottiche che generano le costellazioni del cielo e con le stringhe led che determinano l'effetto cielo.
E' rappresentato da un amplificatore autocostruito basato sul chip LM3886, un convertitorte digitale-analogico (DAC) e su due diffusori. Nel complesso, questi componenti rappresentano la voce del Metasaepe.
E' costituito dalla pompa, vasca di pescaggio e tubi di collegamento. L'impianto idraulico gestisce il protagonista "acqua" del Metasaepe. Essa rappresenta il principio generante, il simbolo della vita, la vita degli uomini.
Col suo fluire silenzioso ed eterno, l’acqua, unico elemento vivo, in movimento del Metasaepe, attraversa, sia trasversalmente che verticalmente, entrambi i piani, coinvolgendo non solo l'ipogeo ma anche l'epigeo.